Die Ozeanien-Sammlung umfasst Zeremonial- und Alltagsgegenstände aus Melanesien, Mikronesien und Polynesien. Die frühesten Bestände stammen aus Polynesien und gelangten im Auftrag König Ludwigs I. von Bayern zwischen 1821 und 1841 nach München. Einige dieser seltenen Objekte stammen vermutlich aus dem Nachlass des wohlhabenden britischen Privatgelehrten und Sammlers Joseph Banks, der James Cook auf einer seiner Forschungsreisen in den Pazifik begleitete: Sie gehen auf das späte 18. Jahrhundert zurück oder sind möglicherweise noch älter. Weitere verdankt das Museum der ersten russischen Weltumseglung zwischen 1804 und 1806 unter der Leitung von Adam Johann Krusenstern.
Die umfangreichsten Sammlungen wurden in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts bis zum Ausbruch des Ersten Weltkriegs 1914 zusammengetragen, der Ära der deutschen Kolonialzeit. Sie wurden dem Museum von Ärzten wie Hans Beraz, Seeleuten wie Karl Nauer und Joseph Hartl, Kolonialbeamten wie Albert Hahl und Franz Boluminski oder dem früheren Direktor des Museums Max Buchner übergeben. Gezielte wissenschaftliche Expeditionen wie die des Reichskolonialamtes unter Richard Thurnwald und Adolf Roesicke 1912/13 trugen seit dem Beginn des 20. Jahrhunderts zur kontinuierlichen Erweiterung der Sammlungen bei.
In jüngster Zeit wurde die Sammlung durch zeitgenössische Objekte ergänzt, etwa die in weiten Teilen Ozeaniens geschätzten äußerst feinen Flechtarbeiten, angefertigt von Bewohnerinnen der Insel Niue und der Cook-Inseln, durch eine Serie von die kolonialen Verflechtungen thematisierenden verfremdeten Kämmen des samoanisch-neuseeländischen Künstlers Michel Tuffery aus seinem Siamani-Samoa-Werkzyklus, durch die innovativen Linoldruck-Interpretationen mythologischer Erzählungen des Maori-Künstlers Cliff Whiting und durch Rindenbastmalereien der Ömie-Frauen aus Papua Neuguinea.