Die Sammlung Subsahara-Afrika umfasst Gegenstände aus den Ländern und Regionen südlich der Sahara sowie von in dieser Wüste lebenden Bevölkerungsgruppen wie den Tuareg. Zur Sammlung Subsahara-Afrika zählen auch Objekte aus Madagaskar, während Gegenstände aus Nordafrika der Sammlung Südwestasien und Nordafrika zugeordnet sind.
Die ältesten Bestände der Sammlung entstammen der Kunstkammer der Wittelsbacher Herrscher und umfassen Elfenbeinschnitzereien aus dem 16. und 17. Jahrhundert. Seit Gründung des Museums 1862 wurde die Sammlung durch Schenkungen und Ankäufe von zahlreichen Reisenden, Forschern, Kolonialbeamten und Missionaren, Ethnographica- und Kunsthändlern wie z.B. Max Buchner (1885), Friedl Martin (1893), Hugo Deininger (1905 und 1913), Ludwig Bretschneider (v.a. 1950er bis 1980er Jahre) sowie der Firma Umlauff (1926 und 1932) erweitert.
Dabei kristallisierten sich mehrere Sammlungsschwerpunkte heraus, z.B. Perlenarbeiten aus dem südlichen Afrika, Keramik- und Flechtarbeiten sowie christliche Volksmalerei aus Äthiopien. Eine umfangreiche Kollektion von Alltagsgegenständen verschiedener Ethnien Tansanias stammt von der Forschungsreise des Afrikanisten und Museumsmitarbeiters Meinulf Küsters in den Jahren 1927/28. Eine Besonderheit stellen die Schnitzwerke der Fang (Kamerun/Gabun) und Luba (Dem. Rep. Kongo), zentralafrikanische Kraftfiguren sowie Skulpturen der Yoruba (Nigeria/Republik Benin), darunter vor allem zwei Verandapfosten des berühmten Schnitzers Olowe von Ise (gest. 1938), dar.
Der Bereich der zeitgenössischen Kunst bildet gleichfalls einen Schwerpunkt der Sammlung. Fortlaufend werden Werke bedeutender zeitgenössischer Künstlerinnen und Künstler, die in Afrika oder in der Diaspora leben und in einer globalisierten Kunstwelt agieren, erworben. Als Beispiele seien genannt Sokari Douglas Camp (Nigeria/Großbritannien), Ransome Stanley (Deutschland), Romuald Hazoumè (Republik Benin), Pieter Hugo (Südafrika), Kofi Setordji (Ghana) und El Loko (Deutschland/Togo). Im Rahmen des neuen Sammlungsbereiches Design enthält die Sammlung Subsahara-Afrika Werke westlicher Designer, die von afrikanischen Vorbildern inspiriert wurden, zum Beispiel des Italieners Matteo Thun oder der US-Amerikaner Charles und Ray Eames.